discosnp

Source: discosnp
Package: discosnp
Versions: discosnp (1.0.1-1), discosnp (1.0.1-3), discosnp (1.2.1-1), discosnp (1.2.2-1), discosnp (1.2.3-1), discosnp (1.2.5-1), discosnp (1.2.6-1), discosnp (1.2.6-1+b1), discosnp (1.2.6-1+b2)
Prioritize: 45
Description: discovering Single Nucleotide Polymorphism from raw set(s) of reads
 Software discoSnp is designed for discovering Single Nucleotide
 Polymorphism (SNP) from raw set(s) of reads obtained with Next Generation
 Sequencers (NGS).
 .
 Note that number of input read sets is not constrained, it can be one, two,
 or more. Note also that no other data as reference genome or annotations
 are needed.
 .
 The software is composed by two modules. First module, kissnp2, detects SNPs
 from read sets. A second module, kissreads, enhance the kissnp2 results by
 computing per read set  and for each found SNP:
 1) its mean read coverage
 2) the (phred) quality of reads generating the polymorphism.

Description-it: scopre Single Nucleotide Polymorphism da insieme(i) di letture grezze
 Il software discoSnp è progettato per scoprire SNP (Single Nucleotide
 Polymorphism - polimorfismo di nucleotide singolo) da insieme(i) di letture
 grezze ottenute tramite NGS (Next Generation Sequencers - sequenziatori di
 prossima generazione).
 .
 Notare che il numero di insiemi di letture in input non è vincolato, può
 essere uno, due o più. Notare anche che non sono necessari ulteriori dati
 come annotazioni o genoma di riferimento.
 .
 Il software è composto da due moduli. Il primo modulo, kissnp2, rileva
 gli SNP dagli insiemi di letture. Un secondo modulo, kissreads, potenzia i
 risultati di kissnp2 calcolando, per ogni insieme di letture e per ogni
 SNP trovato:
  1) la sua copertura di letture media,
  2) la qualità (phred) di letture che generano il polimorfismo.

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